首先贴出判断ie6的js方法:(你可以复制代码到本地试试)
<script type="text/javascript">
if (window.ActiveXObject) {
  var ua = navigator.userAgent.toLowerCase();
  var ie=ua.match(/msie ([\d.]+)/)[1]
if(ie==6.0){
 alert("您的浏览器版本过低,在本系统中不能达到良好的视觉效果,建议你升级到ie8以上!");
window.close();
}
}
</script>

单是alert()弹窗提示信息,太丑陋,而且信息内容受限制,于是我们可以单独做一层(弹出层)居中显示你需要的信息,下面是演示及代码:演示地址:http://www.yanue.net/js/isIE6.html (请用ie6查看效果)代码如下

<!DOCTYPE HTML>
<html lang="en-US">
<head>
<meta charset="UTF-8">
<title>ie6弹出层显示信息</title>
</head>
<body>
<!--ie6弹出层显示信息-->
<script type="text/javascript">
window.onload=function(){
  var popDiv=document.getElementById("popDiv");
var acontinue=document.getElementById("acontinue");
var aClose=document.getElementById('aClose');
  if (window.ActiveXObject) {
var ua = navigator.userAgent.toLowerCase();
var ie=ua.match(/msie ([\d.]+)/)[1]
if(ie==6.0){
popDiv.style.display="block";
acontinue.onclick=function(){
 popDiv.style.display="none";
}
aClose.onclick=function(){
 window.close();
}
}
}
}
</script>
<style type="text/css">
body{background:#fcf6f0;}
*{margin:0;padding:0;}
/*弹出层的STYLE*/
#popDiv {
width:412px;
background: #f0f0f6;
border: 10px solid #e0e0e0;
padding:0 0 10px 0;
border-top:none;
text-align: left;
font-size: 12px;
z-index:99;
left:50%;/*FF IE7*/
top: 50%;/*FF IE7*/
margin-left:-200px!important;/*FF IE7 该值为本身宽的一半 */
margin-top:-60px!important;/*FF IE7 该值为本身高的一半*/
margin-top:0px;
position:fixed!important;/*FF IE7*/
position:absolute;/*IE6*/
_top:expression(eval(document.compatMode && document.compatMode=='CSS1Compat') ? documentElement.scrollTop + (document.documentElement.clientHeight-this.offsetHeight)/2 :/*IE6*/ document.body.scrollTop + (document.body.clientHeight - this.clientHeight)/2);/*IE5 IE5.5*/
}
#popDiv a{text-decoration:none;color:#f00;}
#popDiv a:hover{color:#f60;}
#isclose{
  position:absolute;
  bottom:5px;
  right:6px;
}
#aClose,#acontinue{
  border:1px solid #e0e0e0;
padding:2px 5px;
background:#f0f0f6;
}
#aClose:hover,#acontinue:hover{color:#f60;background:#fc6;}
#bg{background:#fcf6f0;width:100%;height:100%;z-index:98;filter:Alpha(Opacity:"50")}
#popDiv h1{font-size:12px;line-height:24px;background:#e0e0e0;line-height:30px;color:#333;}
#popDiv h2{font-size:12px;text-indent:24px;line-height:24px;color:#333;font-weight:normal;padding:10px;}
#popDiv p{line-height:24px;display:inline-block;text-indent:24px;}
/*The END*/
</style>
<div id="bg"></div>
<div id="popDiv" style="display:none;">
<h1>贵州省志愿者信息管理系统 Ver 2.0 友情提示:</h1>
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<p id="isclose"><a title="" href="javascript:void()" id="acontinue">继续使用</a> <a title="" href="javascript:closeDiv()" id="aClose">关闭窗口</a></p>
</div>
<!--ie6弹出层显示信息end-->
</body>
</html>

ie6下效果预览如下:

这上面做的都只是针对ie6 ,js判断其他浏览器呢 请见:js判断浏览器类型及版本详细分析http://www.yanue.net/post-8.html